商标被法院查封后，其转让行为受到严格限制。根据相关法律规定，查封是法院为保障诉讼顺利进行或确保判决执行而采取的一种保全措施，其目的在于防止被查封财产的转移或处分。因此，在查封期间，商标权人不得擅自转让该商标，否则转让行为可能被认定为无效。

若希望转让已被查封的商标，必须首先向实施查封的法院提出申请，说明转让的理由和具体方案。法院会根据案件的具体情况，审查转让是否会影响到诉讼的进行或判决的执行。如果法院认为转让不会损害相关方的利益，可能会在特定条件下准许转让，例如要求将转让所得款项提存至法院或提供其他形式的担保。

因此，商标被查封后，协议转让并非完全不可能，但必须经过法院的审查和许可。未经法院同意擅自进行的转让协议，不仅无法完成商标局的过户登记，还可能面临法律风险。建议在此情况下，及时咨询专业律师，并与法院保持沟通，依法妥善处理。

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